A komáromi múzeumot 1886-ban alapították meg, amely 1945-ig különböző egyesületek keretén belül tevékenykedett (Történeti és Régészeti Egylet 1866 - 1900; Múzeum Egyesület 1900 - 1911; Jókai Közművelődési és Múzeum Egyesület 1911 - 1945). 1948-ban a Jókai Egyesület székházában (1913-ban épült, jelenleg a múzeum főépülete) létrejött a komáromi Járási Múzeum, mely 1949-től Duna Menti Múzeumként tevékenykedett. 1991-től a múzeum regionális feladatain kívül országos hatáskörű tevékenységet is folytat: a szlovákiai magyar nemzetiségi kultúra tárgyi emlékeit dokumentálja, kutatja és mutatja be.

A múzeum gyűjteményeiben jelenleg 132 000 db. műtárgyat őriz. E gazdag gyűjteményből készült válogatás napjainkban a múzeum 6 állandó kiállításán és különböző időszaki tárlatain tekinthető meg. A múzeumnak 24 alkalmazottja van, ebből 10 egyetemi végzettséggel rendelkező muzeológus. A csaknem 80-tagú Múzeumbarátok Köre 1972-től segíti a múzeum tevékenységét.

2002. április 1-től a Nyitrai Önkormányzati Kerület a múzeum alapítója és fenntartója.